河湖中心发挥水文水资源研究所、水工水力学研究所、河流海岸研究所、岩土工程研究所、材料结构研究所、生态环境研究所、大坝安全与管理研究所、农村电气化研究所以及南京水利水文自动化研究所相关学科方向的技术研发和人才资源优势组建,下设综合部、研发部、基础数据部。